『プラグインで不具合が発生した場合に neobundle.vim のログが後から参照できれば便利だなー』と思っていたら既にそういう機能がありました。
g:neobundle#log_filename に任意のファイルパスを設定するとそのファイルに neobundle.vim のログが出力されます。
let g:neobundle#log_filename = $HOME . "/neobundle.log"
稀によく確認したい場合があるので設定しておこう。
あとログを出力した日時も一緒に付属されていると便利そげ。